Pada Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN) 2020, pemerintah awalnya mengalokasikan Rp131,18 triliun untuk Kemenhan. Namun, jumlah itu diubah dalam Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 54 Tahun 2020 yang diteken Presiden Joko Widodo pada Juni 2020.
Anggaran Kemenhan akhirnya dipangkas Rp8,74 triliun menjadi Rp122,44 triliun. Perpres itu diterbitkan di tengah kegentingan pandemi covid-19 yang melanda Indonesia sehingga diperlukan perubahan postur anggaran.
Jika mengacu Buku Himpunan Rencana Kerja dan Anggaran Kementerian Negara/Lembaga (RKAKL) Tahun Anggaran 2021, alokasi anggaran Kemenhan memang terdampak covid-19. Akhirnya diharuskan refocusing dan realokasi kegiatan sebesar Rp383,75 miliar.
Kemenhan mendapatkan pergeseran anggaran dari bagian anggaran bendahara umum negara (BA BUN) untuk tiga hal, yakni:
a. Pemenuhan alat material kesehatan (Almatkes) untuk 110 RS Kementerian Pertahanan juga TNI dan Almatkes lapangan TNI serta penyiapan anggota komponen pendukung bidang kesehatan sebesar Rp8 triliun
b. Operasi pendisiplinan pelaksanaan protokol kesehatan dalam menghadapi pandemi Covid-19 sebesar Rp1 triliun
c. Tambahan anggaran untuk mendukung tugas pokok TNI pada 2020 sebesar Rp7 triliun.